동의보감은 저술상의 내경편 26분류, 외경편 26분류, 잡병편 32분류로 되어있고, 분류별 총 1903개의 질병이 수록되어 있다.
| 대분류 | 질병분류 | 질병갯수 |
| 내경편(內景篇) | 신형(身形) | 3 |
| 내경편(內景篇) | 정(精) | 15 |
| 내경편(內景篇) | 기(氣) | 13 |
| 내경편(內景篇) | 신(神) | 16 |
| 내경편(內景篇) | 혈(血) | 38 |
| 내경편(內景篇) | 꿈(夢) | 8 |
| 내경편(內景篇) | 성음(聲音) | 12 |
| 내경편(內景篇) | 언어(言語) | 1 |
| 내경편(內景篇) | 진액(津液) | 13 |
| 내경편(內景篇) | 담음(痰飮) | 21 |
| 내경편(內景篇) | 오장육부(五臟六腑) | 1 |
| 내경편(內景篇) | 간장(肝臟) | 6 |
| 내경편(內景篇) | 심장(心臟) | 3 |
| 내경편(內景篇) | 비장(脾臟) | 7 |
| 내경편(內景篇) | 폐장(肺臟) | 7 |
| 내경편(內景篇) | 신장(腎臟) | 7 |
| 내경편(內景篇) | 담부(膽腑) | 5 |
| 내경편(內景篇) | 위(胃) | 5 |
| 내경편(內景篇) | 소장(小腸) | 2 |
| 내경편(內景篇) | 대장(大腸) | 5 |
| 내경편(內景篇) | 방광(膀胱) | 3 |
| 내경편(內景篇) | 삼초(三焦) | 2 |
| 내경편(內景篇) | 포(胞) | 36 |
| 내경편(內景篇) | 충(蟲) | 20 |
| 내경편(內景篇) | 소변(小便) | 35 |
| 내경편(內景篇) | 대변(大便) | 47 |
| 외형편(外形篇) | 머리(頭) | 41 |
| 외형편(外形篇) | 얼굴(面) | 27 |
| 외형편(外形篇) | 눈(眼) | 98 |
| 외형편(外形篇) | 귀(耳) | 17 |
| 외형편(外形篇) | 코(鼻) | 8 |
| 외형편(外形篇) | 구설(口舌) | 17 |
| 외형편(外形篇) | 치아(齒牙) | 22 |
| 외형편(外形篇) | 인후(咽喉) | 28 |
| 외형편(外形篇) | 목(頸項) | 2 |
| 외형편(外形篇) | 등(背) | 4 |
| 외형편(外形篇) | 흉(胸) | 41 |
| 외형편(外形篇) | 젖(乳) | 8 |
| 외형편(外形篇) | 배(腹) | 15 |
| 외형편(外形篇) | 배꼽(臍) | 1 |
| 외형편(外形篇) | 허리(腰) | 21 |
| 외형편(外形篇) | 옆구리(脇) | 10 |
| 외형편(外形篇) | 피부(皮) | 32 |
| 외형편(外形篇) | 살(肉) | 6 |
| 외형편(外形篇) | 맥(脈) | 7 |
| 외형편(外形篇) | 근(筋) | 4 |
| 외형편(外形篇) | 골(骨) | 5 |
| 외형편(外形篇) | 손(手) | 9 |
| 외형편(外形篇) | 족(足) | 19 |
| 외형편(外形篇) | 모발(毛髮) | 3 |
| 외형편(外形篇) | 전음(前陰) | 42 |
| 외형편(外形篇) | 후음(後陰) | 20 |
| 잡병편(雜病篇) | 천지운기(天地運氣) | 2 |
| 잡병편(雜病篇) | 유행병(流行病) | 23 |
| 잡병편(雜病篇) | 토(吐) | 18 |
| 잡병편(雜病篇) | 한(汗) | 4 |
| 잡병편(雜病篇) | 하(下) | 17 |
| 잡병편(雜病篇) | 풍(風) | 83 |
| 잡병편(雜病篇) | 상한(傷寒) | 71 |
| 잡병편(雜病篇) | 서(暑) | 13 |
| 잡병편(雜病篇) | 습(濕) | 14 |
| 잡병편(雜病篇) | 조(燥) | 6 |
| 잡병편(雜病篇) | 화(火) | 51 |
| 잡병편(雜病篇) | 내상(內傷) | 30 |
| 잡병편(雜病篇) | 허로(虛勞) | 38 |
| 잡병편(雜病篇) | 곽란(霍亂) | 8 |
| 잡병편(雜病篇) | 구토(嘔吐) | 18 |
| 잡병편(雜病篇) | 해수(咳嗽) | 69 |
| 잡병편(雜病篇) | 적취(積聚) | 40 |
| 잡병편(雜病篇) | 부종(浮腫) | 20 |
| 잡병편(雜病篇) | 창만(脹滿) | 17 |
| 잡병편(雜病篇) | 소갈(消渴) | 14 |
| 잡병편(雜病篇) | 황달(黃疸) | 32 |
| 잡병편(雜病篇) | 해학(痎瘧) | 31 |
| 잡병편(雜病篇) | 온역(瘟疫) | 16 |
| 잡병편(雜病篇) | 사수(邪祟) | 11 |
| 잡병편(雜病篇) | 옹저(癰疽) | 46 |
| 잡병편(雜病篇) | 부스럼(諸瘡) | 51 |
| 잡병편(雜病篇) | 제상(諸傷) | 24 |
| 잡병편(雜病篇) | 해독(解毒) | 53 |
| 잡병편(雜病篇) | 구급(救急) | 3 |
| 잡병편(雜病篇) | 제법(諸法) | 9 |
| 잡병편(雜病篇) | 부인(婦人) | 70 |
| 잡병편(雜病篇) | 소아(小兒) | 163 |