동의보감은 1596년(선조 29)에 태의(太醫) 허준이 왕명을 받아 유의(儒醫)인 정작(鄭碏), 태의 이명원(李命源)•양예수(楊禮壽)•김응탁(金應鐸)•정예남(鄭禮男) 등과 함께 찬집하였는데, 정유재란으로 일시 중단되었다가 그 뒤 선조가 허준에게 다시 명하여 계속 편집하도록 하였으며, 내장방서(內藏方書) 500권을 내주어 고증하게 하였다.
동의보감은 1610년(광해군 2)에 허준에 의해 완성되었다.
이 책에는 우리 나라의 의서로서 세종 때의 ≪향약집성방 鄕藥集成方≫•≪의방유취 醫方類聚≫와 선조 때의 ≪의림촬요 醫林撮要≫, 복희(伏羲)의 작이라는 ≪천원옥책 天元玉冊≫, 신농(神農)의 작이라는 ≪본초 本草≫, 그리고 ≪소문 素問≫•≪영추경 靈樞經≫ 등 83종의 고전 방서들과, ≪상한론 傷寒論≫•≪맥경 脈經≫•≪단계심법 丹溪心法≫ 등 한(漢)•당(唐) 이래 70여 종의 의방서가 인용되어 있다.
이러한 방서들 중에는 저자의 고증이 확실하지 않은 것과 또 저자의 연대에 관한 차이점도 볼 수 있으나, 수•당 이래로 명나라 초에 이르는 중요한 고전 의방서들이 거의 다 망라되어 있다.

내용은 5개 강목으로 나뉘어 있는데, 내경편(內景篇) 6권, 외형편(外形篇) 4권, 잡병편(雜病篇) 11권, 탕액편(湯液篇) 3권, 침구편(鍼灸篇) 1권이다.

1. 내경편(內景篇)

내경편(內景篇)은 인체내부의 상태에 대한 여러 가지 단서들로 구성되어 있다. 인체의 본질적 구성요소로 정(精), 기(氣), 신(神), 혈(血)을 앞 부분에서 논의한 후에 인체내부의 상태를 반영하는 몽(夢), 성음(聲音), 언어(言語), 진액(津液), 담음(痰飮)의 순서대로 다루었고, 뒷부분에서 몸 안의 내부 생기를 관장하는 오장육부에 대해 상세하게 설명하는 후에 신진대사에 대한 내용으로 마무리 하고 있다.

2. 외형편(外形篇)

외형편은 겉으로 드러난 요소들을 중심으로 해당 부분에 생기는 질병에 대해 서술하고 있다. 제일 먼저 머리부터 시작하여 얼굴의 이목 구부를 다룬 후 아래로 내려가 가슴, 배, 허리 등과 피부, 살 맥, 햄줄 뼈 등 오체와 손, 발, 털, 생식기, 항문 등 머리, 몸통, 오체, 말단부의 순서로 기술하고 있다.

3. 잡병편(雜病篇)

잡병편에서는 질병에 대한 내용을 다루고 있다. 총론에 해당하는 앞부분에서는 운기, 질병에 대한 인식과 진단, 처방, 치료 등을 체계적으로 서술하고 있고, 이어서 순서대로 밖에서 들어온 사기와 안에서부터 생긴 속병 등과 곽락, 구토, 해수 적취, 부종, 창만, 소갈, 황달, 옹저, 제창 등 각종 질병들을 순서대로 서술한 후에 일상생활에서 요긴한 응급요법, 요긴한 처방 등을 다루었다. 마지막에는 별도로 부인과 소아과에 대한 내용을 달아놓았다.

4. 탕액편(湯液篇)

탕액편은 약물에 대한 내용을 모두 다루고 있다. 먼저 탕액서례에서는 약물을 채취, 가공하는 법, 달이는 법, 약리 이론, 용량, 금기 등 약물학 총론에 해당하는 내용을 다루고 있고 그 후에는 약물을 그 성격에 따라 구분하여 다루고 있다. 특히 물이 만물의 근원이라는 입장에서 제일 앞에 32종의 물을 나열해 놓고 있다. 또한 약물의 이름에 한글표기를 병기하고 있어서 일반 백성들의 이용에 간편하게 배려하고 있다.

5. 침구편(鍼灸篇)

침구편은 침구학에 대한 복잡한 이론들은 과감하게 생략하고 침구운용에 필요한 실제적인 내용들을 중심으로 알차게 꾸며져 있다. 침의 종류, 침 놓는 법, 혈자리를 찾는 법, 보사법, 12경맥의 흐름, 기경팔맥 등의 내용이 주류이며 이것은 침구 시술에 있어 요긴한 내용들이다.

동의보감은 의료사적으로 어느 지역의 의학이론과 사상보다 앞선 가치를 인정받아 2009년 유네스코 세계기록유산으로 등재되었다.